魏晋南北朝时期，政局动荡，南北分裂，经学的政教作用淡化，加之魏文帝之后便不以经术取士，而代之以“九品中正”制，失去功名利禄的诱惑，经学日渐衰微。
魏晋时期的《诗经》经学主要是郑学王学之间的斗争。郑玄融合今古文经学遍注群经，成为天下所宗的郑学。郑玄以毛《传》为基础：融合今文三家诗说所着的《毛诗传笺》是当时最具权威的注本。
由于郑玄多用三家诗说，说诗常与毛《传》不合。
三国魏人王肃以维护古文毛诗家法为名，创立王学，攻击郑玄破坏古文经学家法，“作《毛诗义驳》、《毛诗奏事》、《毛诗问难》诸书，以申毛难郑；王基又作《毛诗驳》，以申郑难王；晋孙毓作《毛诗异同评》，复申王说；陈统作《难孙氏毛诗评》，又明郑义，袒分左右垂数百年。”(《四库全书总目》)实际王肃本人也兼通今古文经学，对郑玄的攻击也并非完全出自古文经学家法，“肃尝习今文，而又治贾、马古文学。故其驳郑，或以今文说驳郑之古文，或以古文说驳郑之今文。不知汉学重在颛门，郑君杂糅今古，近人议其败坏家法，肃欲攻郑，正宜分别家法，各还其旧，而辨郑之非，则汉学复明，郑学自废矣。乃肃不惟不知分明，反效郑君尤甚焉。”(皮锡瑞《经学历史》)故郑学王学之争的实质，乃是以维护家法为名而实际却是门户之见与政治地位的争夺。
两派说诗多宗汉儒遗说，无多创见，但也不能一笔抹杀，争论多少总会有助于学术的发展。王肃之说中也时有可取之处，欧阳修《诗本义》便引王肃释《卫风·击鼓》五章，谓郑不如王：“《击鼓》五章，自爰居而下三章，王肃以为卫人从军者与室家决别之辞；而郑氏以为军中士伍相约誓之言。夫卫人暂出从军，其卒伍岂宜相约偕老于军中，此非人情也。当以王肃说为是。”郑学王学之争长达数百年，其地位影响因统治者的支持反对而有变化。魏帝曹髦支持郑学博士反对王学，郑学压倒王学；晋武帝司马炎支持外祖父王肃之学，王学压倒郑学；东晋元帝之后，郑学又压倒了王学，太学之中，《诗经》博士尽为郑学。两派着作流传不广，皆佚于永嘉之乱，今只能于清人马国翰《玉函山房辑佚书》中窥其大概。郑玄兼融诸家，虽有碍家法，但大助经学之昌明，故保持其权威地位而广泛流传。